Le pouvoir protecteur des animaux

Depuis leur émigration d'Europe centrale vers l'Amérique du Nord au XVIIIe siècle, les Amish sont connus pour leur mode de vie unique.

Aujourd'hui encore, ils vivent selon les mêmes traditions d'élevage laitier et de transport à cheval que leurs ancêtres pratiquaient depuis des siècles.

Les Amish alimentent depuis des décennies l'imagination des scénaristes hollywoodiens, des documentaristes et des sociologues. Au cours des dix dernières années, cependant, leur mode de vie a également suscité l'intérêt du monde médical, car il semble résister à une tendance moderne particulièrement préoccupante. Alors que le nombre de maladies immunitaires débutant dans l'enfance, comme l'asthme, l'eczéma et les allergies, a fortement augmenté depuis les années 1960, ce n'est pas le cas chez les Amish.

La raison en offre des aperçus éclairants sur le fonctionnement de notre système immunitaire – et sur l'influence profonde que les animaux présents dans notre vie exercent sur celui-ci.

Une communauté diversifiée

Pour comprendre pourquoi les Amish présentent un taux plus faible de certaines maladies immunitaires, un groupe de scientifiques a passé quelque temps en 2012 au sein d'une communauté amish de l'État de l'Indiana ainsi qu'avec une autre communauté agricole, les Huttérites, dans le Dakota du Sud. Dans les deux cas, ils ont prélevé des échantillons de sang sur 30 enfants et ont examiné leur système immunitaire en détail.

Les deux groupes présentent de nombreux points communs. Comme les Amish, les Huttérites vivent de l'agriculture, ont des ancêtres européens, sont exposés à une pollution atmosphérique minimale et se nourrissent principalement d'aliments non transformés. Cependant, leurs taux d'asthme et d'allergies chez les enfants sont quatre à six fois plus élevés que chez les Amish.

Une différence entre les deux communautés réside dans le fait que les Huttériens ont pleinement adopté les technologies agricoles industrialisées, contrairement aux Amish. Cela signifie que ces derniers vivent dès leur plus jeune âge en contact étroit avec les animaux et les nombreux microbes qu'ils hébergent.

« Lorsqu'on observe des images aériennes de colonies amish et qu'on les compare à des communautés huttériennes, on constate que les Amish vivent à la ferme avec les animaux, tandis que les Huttériens habitent dans de petits hameaux et que la ferme peut se trouver à plusieurs kilomètres de distance », explique Fergus Shanahan, professeur émérite de médecine à l'University College Cork en Irlande.

En 2016, une équipe de scientifiques américains et allemands a publié une étude désormais pionnière, dans laquelle ils ont conclu que les enfants amish présentent un risque allergique moindre en raison de la manière dont leur environnement façonne leur système immunitaire. Les chercheurs ont notamment constaté que les enfants amish de leur étude disposaient de cellules T régulatrices mieux calibrées que les enfants d'origine huttérienne. Ces cellules contribuent à atténuer les réponses immunitaires inhabituelles.

Lorsque les chercheurs ont analysé des échantillons de poussière provenant des habitations d'enfants amish et huttériens à la recherche de traces de bactéries, ils ont trouvé des indications claires que les enfants amish étaient exposés à davantage de microbes, probablement en provenance des animaux avec lesquels ils cohabitaient.

Dans le monde entier, d'autres scientifiques ont obtenu des résultats similaires. Un groupe d'immunologistes a rapporté que les enfants grandissant dans des fermes alpines, où les vaches dorment généralement à proximité immédiate de leurs propriétaires, semblent protégés contre l'asthme, le rhume des foins et l'eczéma. D'autres recherches ont montré que le risque allergique d'un enfant entre sept et neuf ans semble diminuer proportionnellement au nombre d'animaux domestiques présents dans le foyer durant les premières années de vie, ce que l'on appelle l'« effet mini-ferme ».

« Ce n'est pas une panacée, et chaque fois que je donne une conférence à ce sujet, quelqu'un dit : 'Eh bien, j'ai grandi dans une ferme et j'ai des allergies', mais nous savons que si l'on grandit en contact physique avec des animaux d'élevage, on a environ 50 % de risque en moins de développer de l'asthme ou des allergies », déclare Jack Gilbert, professeur à l'Université de Californie à San Diego, qui a participé à l'étude Amish et a également cofondé l'American Gut Project — un projet de science citoyenne qui étudie la manière dont notre mode de vie influence notre microbiome. « Même si l'on grandit simplement avec un chien à la maison, le risque diminue de 13 à 14 % », dit-il.

Les animaux de compagnie protecteurs

Depuis la publication de l'étude Amish, l'effet potentiellement protecteur du contact avec les animaux durant l'enfance suscite une grande fascination. Le New York Times a même publié un article se demandant si les animaux de compagnie étaient le nouveau « probiotique ».

Que se passe-t-il donc ? Étant donné la nature tactile de l'être humain et son penchant à caresser et à câliner ses animaux de compagnie, il n'est peut-être pas surprenant que des microbes provenant de leur fourrure et de leurs pattes se retrouvent sur notre peau — du moins temporairement.

Cela a conduit à des spéculations selon lesquelles le « microbiome » pourrait être colonisé par des bactéries provenant de nos animaux de compagnie. Il s'agit de l'ensemble des vastes colonies de microbes vivant sur notre peau, dans notre bouche et surtout dans nos intestins, où se trouve une concentration importante des cellules immunitaires de notre organisme. Selon Nasia Safdar, professeure en maladies infectieuses à l'Université du Wisconsin aux États-Unis, ce concept a éveillé l'intérêt de l'industrie de l'alimentation animale. L'idée serait de développer des produits commercialisés comme favorisant la croissance de bactéries bénéfiques chez les chats et les chiens, qui pourraient ensuite être transmises à leurs propriétaires, dit-elle à la BBC.

« Cette approche est attrayante pour les bailleurs de fonds, car la plupart d'entre nous s'intéressent à la santé humaine », déclare Safdar. « Quel rôle les animaux peuvent-ils y jouer ? », demande-t-elle.

Safdar envisage de mener une étude dans laquelle des échantillons de selles d'animaux domestiques et de leurs propriétaires humains seraient collectés lors de visites répétées chez le vétérinaire, afin de déterminer si leur flore intestinale s'harmonise microbiologiquement au fil du temps. Elle souhaite également déterminer si elle peut identifier des espèces bactériennes similaires susceptibles d'apporter des bénéfices pour la santé.

D'autres considèrent toutefois comme douteuse l'idée que des microbes provenant de chiens, de chats ou d'autres animaux non humains puissent être intégrés à notre microbiome. "Il n'existe aucune preuve en ce sens", déclare Gilbert. "Nous ne constatons pas d'accumulation à long terme de bactéries canines sur notre peau, dans notre bouche ou dans nos intestins. Elles n'y restent pas vraiment."

Safdar estime néanmoins que l'étude vaut largement la peine d'être menée et juge plausible que des microbes intestinaux d'animaux domestiques puissent être transmis à leurs propriétaires, et inversement. "Cela mérite d'être étudié, et cela n'a pas encore été examiné avec précision", déclare-t-elle.

Gilbert pense que les animaux domestiques jouent un rôle différent, mais tout aussi important. Sa théorie est que notre système immunitaire s'est développé, en raison de la domestication de diverses espèces animales par nos ancêtres, de manière à être stimulé par les microbes qu'ils transmettent. Ces microbes ne s'installent pas durablement dans notre organisme, mais nos cellules immunitaires reconnaissent les signaux familiers lorsqu'ils traversent notre corps, ce qui permet au système immunitaire de continuer à se développer correctement.

"Au fil de nombreux millénaires, le système immunitaire humain s'est habitué à voir des bactéries de chiens, de chevaux et de vaches", déclare Gilbert. "Et lorsqu'on est exposé à ces éléments, cela déclenche un développement bénéfique du système immunitaire. Il sait quoi faire", ajoute-t-il.

Des études ont également montré que les personnes vivant avec un animal domestique finissent par avoir des microbiomes intestinaux plus similaires entre elles, et Gilbert suppose que l'animal joue probablement le rôle de vecteur pour transmettre des microbes humains entre ses propriétaires. Dans le même temps, le contact régulier avec les microbes de l'animal domestique stimule également le système immunitaire à demeurer plus actif et à mieux contrôler les populations bactériennes dans le microbiome intestinal et cutané, ce qui permet d'éloigner les agents pathogènes et de favoriser la croissance de bactéries bénéfiques.

Microbes ancestraux

Ce sont de bonnes nouvelles pour les amoureux des animaux, car la recherche continue d'indiquer que vivre avec des animaux de compagnie tout au long de notre vie peut être bénéfique pour notre système immunitaire.

Après avoir lu l'étude sur les Amish et les Huttérites, Shanahan a été inspiré pour mener ses propres recherches sur les Gens du voyage irlandais, un groupe de population marginalisé qui vit typiquement dans des espaces restreints avec plusieurs animaux — des chiens et des chats aux furets et aux chevaux.

Shanahan a séquencé leurs microbiomes intestinaux et les a comparés à ceux d'Irlandais menant aujourd'hui un mode de vie plus moderne, ainsi qu'aux microbiomes de populations autochtones de Fidji, de Madagascar, de Mongolie, du Pérou et de Tanzanie, qui maintiennent encore un mode de vie semblable à celui de nos ancêtres chasseurs-cueilleurs. Il a constaté que le microbiome des Gens du voyage irlandais ressemblait davantage à celui des groupes autochtones. Il a déclaré que leur microbiome présentait également des similitudes avec celui des personnes du monde préindustriel, que d'autres groupes scientifiques ont pu étudier grâce à la collecte d'échantillons fécaux anciens conservés dans des grottes.

« Les Gens du voyage irlandais ont préservé un microbiome ancestral », dit Shanahan. « Il ressemble bien davantage à ce que l'on observe chez les tribus de Tanzanie qui vivent encore comme des chasseurs-cueilleurs, ou chez les cavaliers mongols qui vivent dans des yourtes, très proches de leurs animaux. »

Shanahan pense que cela pourrait expliquer le faible taux de maladies auto-immunes dans la population des Gens du voyage irlandais : des maladies telles que les maladies inflammatoires de l'intestin, la maladie de Crohn, la colite ulcéreuse, la sclérose en plaques et d'autres pathologies qui, comme l'asthme et les allergies, sont devenues de plus en plus fréquentes au cours des dernières décennies.

« Cela ne signifie pas qu'ils sont en bonne santé », dit Shanahan. « Les Gens du voyage irlandais meurent bien plus jeunes que la population sédentaire. Mais ils meurent d'alcoolisme, de suicide et d'accidents, causés par la pauvreté, la marginalisation et la perte de leur culture. Cependant, si vous demandez à un rhumatologue irlandais s'il a déjà vu un Gens du voyage atteint de lupus systémique [une maladie auto-immune], il vous dira qu'il n'a jamais vu un seul cas. »

Des chercheurs étudient désormais si la réintroduction des animaux dans nos vies peut être bénéfique pour notre santé de différentes manières tout au long de la vie. Des chercheurs de l'University of Arizona aux États-Unis ont examiné si l'accueil de chiens indésirables chez des personnes âgées pouvait contribuer à améliorer leur santé physique et mentale en renforçant leur système immunitaire. Et les résultats d'un groupe de recherche italien, qui a créé une ferme pédagogique où des enfants issus de foyers sans animaux de compagnie peuvent régulièrement caresser des chevaux sous surveillance, suggèrent que le microbiome intestinal de ces enfants a commencé à produire davantage de métabolites bénéfiques.

Gilbert juge plausible que cela puisse constituer un moyen d'améliorer l'immunité des enfants. « Lorsqu'on est exposé à davantage d'espèces de bactéries, le système immunitaire est stimulé de manière plus diversifiée, ce qui peut améliorer sa capacité à combattre les microbes présents sur la peau et dans l'intestin », dit-il. « Mais on n'est pas colonisé par des bactéries animales, cela n'arrive pas. »

Des chercheurs soulignent que le fait de posséder des animaux de compagnie tout au long de la vie peut également favoriser davantage d'interactions microbiennes avec le système immunitaire d'autres manières. Avoir un chien, par exemple, incite davantage à marcher régulièrement, fait remarquer Liam O’Mahoney, professeur d'immunologie à l'APC Microbiome Ireland, un centre de recherche sur le microbiome à l'University College Cork.

« Lorsque vous avez un animal de compagnie, vous êtes dehors dans la nature et vous vous promenez dans le parc », dit O’Mahoney. « Vous entrez ainsi en contact avec des microbes provenant du parc, du sol et de partout ailleurs, qui peuvent tous être bénéfiques. »